Tobi, el más reciente de los miembros de Akatsuki, que hasta ahora había mantenido una actitud nada temible, se revela a sí mismo como Madara Uchiha. Pein, Konan, Zetsu e Itachi sabían la verdad al respecto. Madara se muestra como el verdadero líder de Akatsuki al ordenarle a Pein que capture a Naruto.

Madara, comportándose como Tobi de nuevo, aparece ante un grupo de ninjas de Konoha entre los que estaba Naruto, mientras estos buscaban a Sasuke, y se dedica a perder el tiempo para impedir que los ninjas de Konoha interrumpan la pelea entre los hermanos Uchiha. Durante ésta, Itachi le revela a Sasuke lo referente a Madara, y sus intenciones de superarlo obteniendo el Mangekyō Sharingan de su mismo nivel.

Evitando los insectos de Shino. De hecho, hace esto sin necesidad de sellos y de manera instantánea, teletransportándose.

Zetsu interrumpe la acción, anunciándole el resultado del combate. Madara, que señala que sabía de antemano el resultado de la pelea, les indica a los de Konoha que se volverán a encontrar. Luego desaparece, no sin antes conseguir ver Kakashi que debajo de su máscara hay un Sharingan.

Sasuke despierta en una cueva, desorientado y cansado después de su combate con Itachi. Madara aparece junto a él revelando su verdadera identidad al retirar su máscara. Además, indica a Sasuke que le mostrará la verdad sobre Itachi.

Madara le explica que Itachi era un instrumento de la villa y que mató a todo su clan porque se le habia asignado esa misión.

Durante la reunión con Taka y Akatsuki, Kisame se dirige a Madara como Mizukage-sama, lo que hace pensar que Madara es el Kage de la Aldea Oculta de la Niebla,